Погодаев Владимир Аникеевич занимается научно-педагогической деятельностью более 30 лет. Является представителем известной научной школы Ставропольского сельскохозяйственного института (в настоящее время Ставропольский государственный аграрный университет), где окончил аспирантуру и в 1984 году защитил кандидатскую, а в 1996 году докторскую диссертации.

Применяя полученные знания, ему удалось создать свою научную школу, которая занимается важной народно-хозяйственной задачей, направленной на выведение новых и совершенствование существующих пород, типов и линий свиней, а также на выявление хорошо сочетающихся генотипов с целью создания высокопродуктивных кроссов свиней. Более двух десятилетий Владимир Аникеевич работал над выведением новой породы свиней. Он имеет авторское свидетельство на селекционное достижение в животноводстве "Скороспелая мясная порода свиней СМ-1".

Приоритетным направлением научной деятельности Погодаева В.А. является: изучение биологии свиней, процессов обмена веществ в их организме, оценка качества продукции, разработка и освоение интенсивных технологий производства свинины, дающих конкурентноспособную и высококачественную продукцию, разработка и использование новых биогенных стимуляторов для сельскохозяйственных животных.

Профессор Погодаев В.А. принимает активное участие в работе различных международных, всероссийских и региональных научно-практических и научно-методических конференциях. Работает в редакционных коллегиях научных сборников.

Профессор Погодаев В.А. постоянно руководит научно-исследовательскими работами студентов. Под его руководством защищено более 150 дипломных работ.

Большое внимание уделяет подготовке научных кадров: под его руководством защищено 15 кандидатских диссертаций. В настоящее время руководит 7 аспирантами и соискателями, и 2 докторантами.

Погодаев В.А. является членом совета по племенной работе с районированными породами свиней Северо-Кавказского экономического региона, членом межвузовского координационного совета по свиноводству, членом докторского совета Д 212.312.01 при Северо-Кавказской государственной гуманитарно-технологической академии и членом диссертационного совета Д 220.038.01 при Кубанском государственном аграрном университете.

За значительный вклад в области научных исследований и подготовку научных кадров Погодаев Владимир Аникеевич награжден нагрудным знаком «Почетный работник высшего профессионального образования Российской Федерации». За большие заслуги в научной деятельности указом президента Российской Федерации ему присвоено почетное звание «Заслуженный деятель науки Российской Федерации».