Область научных интересов профессора Кольцовой Элеоноры Моисеевны: высокопроизводительные вычисления, синергетика, термодинамика необратимых процессов, нелинейная динамика, нанотехнологии, химическая технология, водородная энергетика, гетерогенный катализ, новые материалы. Под руководством Э.М. Кольцовой разработан реактор непрерывного действия для получения углеродных нанотрубок; получены катализаторы для водородных топливных элементов, превосходящие по своим характеристикам мировые аналоги, также получены новые нанокомпозиты, армированные углеродными нанотрубками, по своим свойствам превосходящие мировые аналоги; разработан газогенератор для газохимического воздействия на малодебитные скважины при добыче нефти. Проведенные испытания показали существенное увеличение по добычи нефти (более 5 раз) при использовании разработанного метода. Под руководством Кольцовой Э.М. разработано программное обеспечение для нанотехнологий, водородной энергетики, процессов химической технологии.

Подходы, которые развивает профессор Э.М. Кольцова относятся к области синергетики, науки занимающейся явлениями и процессами, протекающими существенно вдали от равновесия. Поэтому практической областью приложения теоретических разработок Э.М. Кольцовой были выбраны современные задачи химической технологии – создание технологий: 1) в области охраны окружающей среды (решена задача утилизации твердого ракетного топлива и его использования для увеличения добычи малодебитных нефтяных скважин).; 2) в области получения наноматериалов, катализаторов нового поколения (использование таких катализаторов для процессов с быстрыми реакциями приводит к существенному уменьшению объемов реакторов в 5-10 раз); 3) в области водородной энергетики (процессы, которые рассматривались, протекали существенно вдали от равновесия).

Э.М. Кольцова специалист в области математического моделирования процессов химической технологии, автор более 500 научных трудов, из них за последние пять лет: 82 (из них 3 методических), 25 публикаций в журналах перечня ВАК, 3 монографии, 13 авторских свидетельств, 11 статей в Web of Science, 19 статей в Scopus, 102 публикации в РИНЦ. Монография «Системный анализ процессов химической технологии. Энтропийный и вариационный методы неравновесной термодинамики в задачах химической технологии» была высоко оценена лауреатом Нобелевской премии И.Р. Пригожиным. Всего опубликовано 9 монографий, 8 патентов, 27 авторских свидетельств.

Кольцова Э.М. в 2007 году возглавила кафедру информационных компьютерных технологий. Она преподает следующие дисциплины бакалаврам и магистрантам по двум направлениям («Информационные системы и технологии», «Информатика и вычислительная техника»): 1. Теория информационных процессов и систем; 2. Численные методы решений уравнений математической физики и химии; 3. Методы термодинамики и нелинейной динамики; 4. Многомасштабное компьютерное моделирование.

Профессор Кольцова Э.М. была руководителем более 25 проектов Министерства образования и науки РФ, Российского фонда фундаментальных исследований, Российского научного фонда. С момента заведования кафедрой информационных компьютерных технологий Элеонора Моисеевна сменила все компьютерное оборудование на кафедре, на средства грантов был создан гетерогенный суперкомпьютерный кластер для обучения параллельным вычислениям, создан класс параллельных вычислений для обучения бакалавров и магистров. В 2009 году под непосредственным руководством Кольцовой Э.М. был организован при кафедре информационных компьютерных технологий центр высокопроизводительных параллельных вычислений, где студенты выполняют свои дипломные работы.

Благодаря наличию большого числа проектов, кафедрой информационных компьютерных технологий было закуплено следующее лицензионное программное обеспечение: Honeywell Unisim Design, Autodesk Autocad, Solid Works, Adobe Flash (Trial version), Ansys Fluent..В новые учебные планы были включены новые дисциплины, которые опираются на выше перечисленные прикладные программные продукты.

Кольцова Э.М. организовала ежегодное проведение олимпиад по программированию среди студентов РХТУ им. Д.И. Менделеева. Кольцова Э.М. много усилий прикладывает для организации таких дипломных работ, которые были бы перспективны и востребованы наукой и практикой в Российской Федерации.

В настоящее время Кольцова Э.М. является руководителем совместного проекта «Комбинирование методов эксперимента и математического моделирования, включающего химическую кинетику, тепло- и массоперенос, от масштаба атомов до масштаба завода» с университетом г. Лидс (Великобритания).

Под руководством Кольцовой Э.М. были защищены 21 диссертационная работа аспирантов и соискателей.

Элеонора Моисеевна является лауреатом премии Правительства Российской Федерации, 2002 г.

Кольцова Элеонора Моисеевна заслуженно пользуется авторитетом и уважением среди профессоров, преподавателей, сотрудников и студентов университета.