Смирнов Валерий Евгеньевич «Оценка эффективности управления сельскохозяйственным производством», Симонов Сергей Юрьевич «Обоснование прогнозного сценария развития рынка зерна», Рамазанов Сайгит Манапович «Формирование материально-технического потенциала сельскохозяйственного производства на инновационной основе (на материалах Тамбовской области)», Гиненский Роман Владимирович «Совершенствование системы управления учебно-опытными хозяйствами», Ясулов Камиль Гаджиевич «Стратегическое управление развитием садоводческих организаций»
246 научных работ. «Экономика предприятия», «Нормативно-правовое регулирование предпринимательской деятельности в аграрном секторе экономики России», «Инновационный потенциал техносферы АПК: проблемы формирования, современное состояние и приоритеты развития»
«Управление учебно-опытными хозяйствами сельскохозяйственных вузов», «Основы стратегического управления в АПК России», «Формирование системы устойчивого развития региональных и муниципальных сельских территорий», «Проблемы и пути оптимизации взаимодействия вузов и учебно-опытных хозяйств», «Направления развития и проблемы функционирования информационно-консультационной службы АПК России», «Развитие научно-технического прогресса в сельскохозяйственном производстве», «Актуальные проблемы стратегического управления развитием агросферы региона: вопросы теории, методологии, практики», «Оценка эффективности управления сельскохозяйственным производством».
Диссертация на соискание ученой степени доктора экономических наук «Развитие научно-технического прогресса в сельскохозяйственном производстве (теория, методология, практика)» защищена в Мичуринском государственном аграрном университете в 2010 г. Ученая степень доктора наук присуждена в 2011г.
Е.Е.Можаев внес большой вклад в разработку приоритетных направлений развития науки и техники АПК, реализацию федеральных целевых и отраслевых программ, разработку концепции научного развития АПК. Принимал активное участие в разработке и формировании в соответствии с «Основами политики Российской Федерации в области науки и технологий на период до 2010 г. и дальнейшую перспективу» перечня критических технологий и приоритетных направлений развития науки, техники и технологий.
Он принимал участие в разработке нормативно-правовых документов в сфере образования. Е.Е.Можаев является одним из авторов отраслевых научно-технических программ «Развитие среднего профессионального образования Минсельхоза России», «Развитие аграрного образования», ряда законопроектных предложений, Рекомендаций по разработке региональных программ кадрового обеспечения АПК, Концепции государственной молодежной политики, Основных направлений профессиональной переподготовки и повышения квалификации кадров агропромышленного комплекса, ежегодного доклада «Состояние социально-трудовой сферы села и предложения по ее регулированию», информационно-аналитического сборника «Аграрная наука России», Концепции развития сельского хозяйства в районах освоения целинных и залежных земель Российской Федерации, Концепции развития сельского хозяйства в Нечерноземной зоне России. Является автором концепции создания аграрных научно-образовательных центров.
Решением Международного Экспертного Совета Можаеву Евгению Евгеньевичу присуждено звание Почетного профессора Европейского Университета, как выражение признания выдающихся научных заслуг и успехов в научной деятельности.
Президиум European University на основании решения International Experts Counsil присудил Grand Ph.D., Dr. Habil. Можаеву Евгению Евгеньевичу звание Honorary Doctor of the University (Почётный доктор Университета).
Защита диссертации Можаева Евгения Евгеньевича на соискание ученой степени доктора юридических наук состоялась в OES IAS. За время исследования диссертантом были подготовлены проекты федеральных законов, ряд глав в федеральных законах, регулирующих аграрную сферу экономики, а также подзаконные нормативные акты (постановления Правительства, федеральные и отраслевые программы и т.д.). По итогам защиты Можаеву Е.Е. была присвоена ученая степень доктора юридических наук Doctor of Laws (Grand Ph.D.) и звание Doctor Habilitatus, дающее право занимать профессорские должности в любом университете Европы. Как доктор высшей степени, Евгений Евгеньевич включен в Международную научную коллегию (ISA). Это первый профессор в системе аграрного образования России, удостоенный международной научной степени доктора юридических наук.
Научные работы Можаева Е.Е. включены в фонды Парламентской библиотеки. Один из ведущих специалистов в области экономики и правового регулирования деятельности аграрных образовательных и научных организаций, земельно-имущественных отношений и организационно-правовых форм.
Награжден многими отраслевыми и академическими наградами России и зарубежных стран: золотой медалью «За вклад в развитие агропромышленного комплекса России», именными золотыми часами Министра сельского хозяйства России за заслуги перед АПК, медалями К.Д. Ушинского, В.В. Леонтьева, Н.И. Вавилова, В.И. Вернадского, Вильгельма Рентгена, Альберта Швейцера и др. Почетный работник высшего профессионального образования Российской Федерации, Почетный работник науки и техники Российской Федерации, Почетный работник агропромышленного комплекса Российской Федерации, Почетный профессор ТГСХА, Лауреат Всероссийского выставочного центра. Научные работы Е.Е.Можаева как в числе конкурсных работ аграрных вузов, так и индивидуально награждены девятью Золотыми медалями ВВЦ. Неоднократный победитель Всероссийских конкурсов «Аграрная учебная книга» в номинациях «Лучшая монография» и «Лучшее учебное пособие».
Избран членом ряда академий, в том числе Нью-Йоркской академии наук, Европейской академии естествознания, Международной академии авторов научных открытий и изобретений. Является председателем редакционного совета бюллетеня «Арбитражно-третейский суд в СРО», главным редактором научного электронного журнала «Ресурсосбережение, возобновляемая энергетика и устойчивое развитие», заместителем главного редактора научно-производственного ежемесячного рецензируемого журнала «Вестник кадровой политики, аграрного образования и инноваций», научного журнала «Вестник РГАЗУ», электронного научного издания «Вестник Российского государственного аграрного заочного университета», членом редколлегии научного журнала «Вестник Екатерининского института».
Указом Президента Российской Федерации Е.Е.Можаеву присвоен классный чин Государственный Советник Российской Федерации первого класса.